六都當中唯一沒捷運的台南，目前規劃六條路線，優先路網也積極展開，其中進度最快的藍線第一期，已經預計明(2026)年底動工，不過議員黃肇輝擔憂的是，現況捷運工程處編制才14位明顯不足，加上光仁德段就要斥資300多億，所以要求市長成立捷運局，並爭取總統賴清德的關愛。
議員黄肇輝關心永康鐵路地下化，因為該政策推進10年，不過仍未進入全面規劃，除了呼籲交通局加速進度，也希望未來康橋站和永康站可以透過站體聯合開發以及串聯產業創意園區來帶動發展，當然鐵路地下化興建比捷運更久，台南六條捷運優先路線已積極展開，不過，自107年成立捷運工程處至今，議員煩惱現況人力的欠缺，要求成立捷運局，同時爭取總統賴清德的關愛眼神，對此市長以財政負擔和人事編制，直說太沉重。
議員黃肇輝在總質詢花了很多時間為永康鐵路地下化和捷運，甚至共構的建設和市府交換意見，特別針對捷運路網的串連規劃，在安全便利為前提，如何減輕平面交通的塞車壓力，如何讓車站沿線經濟發揮效益，都一併要求市府慎重思考。
