日本政府長期關注台海局勢變化，並已針對包括戰事等突發情境擬定撤離計畫。預設一旦發生緊急狀況，將優先撤離先島諸島約12萬居民至九州山口地區的8個縣市。為防止延遲撤離居民無處可避，當局進一步規劃設立具生活機能的滯留型避難所。
與那國町已於2025年3月通過基本方針，將在新建町政府綜合廳舍內設置一座地下避難空間。該處平時作為停車場及會議空間使用，戰時則可供200人避難約兩週。避難所設有廁所、淋浴間、廚房與洗衣設備，每人分配避難面積為4.8平方公尺。
石垣市與宮古島市的避難所規劃亦已展開，兩地分別可容納500人。其中石垣市預定於2026年動工，宮古島市則規劃於今年冬天啟建，平日作為體育館使用。竹富町與多良間村的設施尚在設計與審議階段，預計2026年動工。
日本政府表示，在中國、俄羅斯與北韓軍力提升背景下，當局決定加速避難設施的整備作業。尤其中國不僅快速增加可搭載核彈頭的導彈數量，且在極音速飛彈等領域技術亦持續進展，對日本構成實質安全壓力。
鑑於中國可能於2027年具備對台動武能力，日方視「台灣有事」為具體且急迫的安全議題。與那國島與台灣宜蘭僅相距約110公里，為日本最靠近台灣的領土。
日本政府設置的避難所類型分為「特定臨時避難設施」與「緊急臨時避難設施」兩類。前者多設於離島，可供人員生活約兩週；後者則用於短暫緊急避難，並遍布日本全國。
自民黨在7月參議院選舉的政見中明確指出，將整備可以保護國民的避難設施，例如避難所，並與相關地方政府合作，推動制定緊急事態發生時的避難計畫。
除了推動建設避難所之外，日本也在推動自衛隊的「南西轉移」。自2016年起，在沖繩的與那國島、宮古島、石垣島，以及2019年在鹿兒島縣奄美大島，陸續新設陸上自衛隊駐屯地。
